Soekarno telah diangkat oleh MPRS sebagai presiden seumur hidup, maka hanya MPRS saja yang bisa melengserkannya.
Setelah Soeharto menerima supersemar (Surat Perintah Sebelas Maret) dari Soekarno. Nasution menyadari bahwa Supersemar tidak hanya memberikan kekuasaan darurat kepada Soeharto tetapi juga memberinya kontrol eksekutif.
Baca Juga:
Anies di Semprot PDIP Gara-Gara Suruh Warga Pekikkan 'Merdeka' dengan Tangan Terbuka
Nasution menyarankan kepada Soeharto bahwa ia berhak membentuk kabinet darurat. Menggantikan kabinet yang pro PKI dan pro Soekarno. Soeharto, masih hati-hati tentang apa yang dia bisa atau tidak bisa lakukan dengan kekuatan barunya, karena pembentukan kabinet adalah tanggung jawab presiden. Nasution mendorong Soeharto, berjanji untuk memberikan dukungan penuh.
Tanggal 18 Maret 1966, Soeharto menangkap Chaerul Saleh, ketua MPRS dan anggota MPRS yang dianggap pro PKI. Sebagai gantinya dibentuk MPRS pengganti.
MPRS yang baru pun bersidang dan Nasution terpilih sebagai ketuanya secara aklamasi. Dengan cerdik, pada 21 Juni 1966 Nasution dan MPRS meratifikasi Supersemar. Dengan keputusan ini berarti Soekarno dilarang menariknya kembali.
Baca Juga:
Megawati Soekarnoputri, Ibu Kartini Indonesia Masa Kini
Pada 22 Juni, Soekarno mencoba melawan dengan menyampaikan pidato berjudul Nawaksara (Sembilan butir) di depan sidang MPRS. Namun Nasution bergeming, bahwa Supersemar tidak boleh dicabut atau ditarik kembali.
Selama dua minggu ke depan, Nasution sibuk memimpin Sidang Umum MPRS. Di bawah kepemimpinannya, MPRS mengambil langkah-langkah seperti melarang paham Marxisme-Leninisme, mencabut keputusan Soekarno sebagai presiden seumur hidup, dan memerintahkan pemilihan legislatif yang akan diselenggarakan pada bulan Juli 1968.
Sidang Umum MPRS juga meningkatkan kekuasaan Soeharto dengan secara resmi memerintahkannya untuk merumuskan kabinet baru. Sebuah keputusan juga disahkan yang menyatakan bahwa jika presiden tidak mampu melaksanakan tugasnya, ia kini akan digantikan oleh pemegang Supersemar, bukan wakil presiden. Inilah kenapa Nasution dulu ogah diangkat jadi Wapres, dengan jadi ketua MPRS dia bisa menumbangkan Soekarno.